Создать и сразу зарегистрировать виртуальную машину можно командой
VBoxManage createvm --name "imyaVM" --register
После создания ее нужно настроить, делается это следующей командой
VBoxManage modifyvm "imyaVM" \
--ostype Ubuntu_64 \
--memory 2048 \
--nic1 bridged \
--boot1 dvd
Пояснение опций: