Чтобы сделать бэкап базы
mongodump --host=mongodb.example.net --port=27017 --out=/data/backup/
--host и --port - можно не указывать
Восстановить бэкап
mongorestore --numInsertionWorkersPerCollection=8 --drop /data/backup/
--numInsertionWorkersPerCollection=8 - увеличить количество воркеров, немного ускорить. По умолчанию, если не указывать - 1